질의제목 :	기획재정부 - 구 「조세특례제한법」 제11조제1항에 따른 “연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제”의 적용 범위(구 「조세특례제한법」 제11조 등 관련)
관련문서 :	기획재정부 조세특례제도과 - 545(2019. 8. 13.)

1. 질의요지

가. 내국인이 판매 목적으로 설비를 제작하였으나 그 설비를 판매하지 않고 구 「조세특례제한법」(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 일부개정되어 2012. 1. 1. 시행된 것을 말하며, 이하 같음) 제11조제2항제1호에 따른 연구시험용 시설로 사용하는 경우, 판매 목적으로 해당 설비를 제작하기 위해 투자한 금액은 같은 조 제1항에 따른 세액공제 대상에 해당하는지?

「소득세법」에 따른 거주자 및 「법인세법」에 따른 내국법인을 말하며, 이하 같음.

2012년 12월 31일까지 투자한 것을 전제함.

나. 내국인이 판매 목적으로 설비를 제작하였으나 그 설비를 판매하지 않고 구 「조세특례제한법」 제11조제2항제1호에 따른 연구시험용 시설로 사용하기 위해 해당 설비를 보완하는 추가 투자를 한 경우, 구 「조세특례제한법」 제11조제1항에 따른 세액공제의 대상이 되는 것은 전체 투자금액인지 아니면 추가 투자금액인지?

2012년 12월 31일까지 투자한 것을 전제함.

판매 목적으로 설비를 제작하기 위해 투자한 금액과 연구시험용 시설로 사용하기 위해 추가 투자한 금액을 합한 금액을 의미함.

※ 질의배경

기획재정부에서는 민원인의 의뢰로 위 질의요지에 대해 법제처에 법령해석을 요청함.

2. 회답

가. 질의 가에 대하여

이 사안의 경우 판매 목적으로 설비를 제작하기 위해 투자한 금액은 구 「조세특례제한법」 제11조제1항에 따른 세액공제 대상에 해당하지 않습니다.

나. 질의 나에 대하여

이 사안의 경우 구 「조세특례제한법」 제11조제1항에 따른 세액공제 대상은 연구시험용 시설로 사용하기 위해 추가로 투자한 금액입니다.

3. 이유

가. 질의 가에 대하여

조세법률주의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면 요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적인 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합하는바, 구 「조세특례제한법」 제11조의 연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제 규정은 연구 및 인력개발에 대한 신규 투자를 지원․유도하기 위해 조세를 감면하는 특혜규정에 해당하므로 이를 해석할 때에는 그 문언에 충실하게 해석하여야 할 것입니다.

대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결례 참조

그런데 구 「조세특례제한법」 제11조제1항에서는 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외함)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당함) 또는 법인세에서 공제한다고 규정하여, 공제되는 금액의 투자 목적이 연구 및 인력개발을 위한 것이어야 한다는 점이 문언상 명백합니다.

아울러 조세특례제한법령의 구법령인 구 「조세감면규제법 시행령」이 1993년 5월 27일 대통령령 제13897호로 일부개정되기 전에는 세액공제를 적용받으려는 경우 투자 개시연도에는 투자계획서를, 투자 완료연도에는 투자완료보고서와 세액공제 신청서를 제출하도록 하여(제15조의3) 투자금액이 세액공제 대상에 해당하는지 여부를 투자계획서를 통해 확인했던 점이 분명했었는데, 대통령령 제13897호에서는 세액공제신청 시 세액공제신청서만 제출하도록 개정되었는바 이는 절차의 간소화 및 합리화를 위하여 투자계획서 및 투자완료보고서 제출을 생략한 것일 뿐이고 투자 시점을 기준으로 판단하여 연구 및 인력개발을 위해 투자한 금액에 대해 세액공제를 하려는 당초의 입법취지가 변경된 것은 아니었습니다.

1993. 5. 27. 대통령령 제13897호로 일부개정되어 같은 날 시행된 「조세감면규제법 시행령」 제ㆍ개정 이유 참조

따라서 이 사안과 같이 판매 목적으로 설비를 제작하였으나 그 설비를 판매하지 않고 연구 및 인력개발을 위해 사용하는 경우 당초 판매 목적으로 해당 설비를 제작하기 위해 투자한 금액은 구 「조세특례제한법」 제11조제1항에 따른 세액공제 대상에 해당하지 않습니다.

나. 질의 나에 대하여

앞에서 살펴본 바와 같이 구 「조세특례제한법」 제11조제1항에 따른 세액공제 대상이 되기 위해서는 투자 목적이 연구 및 인력개발을 위한 것이어야 합니다.

그렇다면 판매 목적으로 설비를 제작하였으나 그 설비를 판매하지 않고 구 「조세특례제한법」 제11조제2항제1호에 따른 연구시험용 시설로 사용하기 위해 해당 설비를 보완하는 추가 투자를 한 경우에도 투자 목적에 따라 구 「조세특례제한법」 제11조제1항에 따른 세액공제 대상 여부를 판단해야 합니다.

따라서 이 사안의 경우 당초 판매 목적으로 설비를 제작하기 위한 투자 금액은 제외하고 해당 설비를 구 「조세특례제한법」 제11조제2항제1호에 따른 연구시험용 시설로 사용하기 위해 추가로 투자한 금액만 구 「조세특례제한법」 제11조제1항에 따른 세액공제 대상에 해당한다고 보아야 합니다.

구 「조세특례제한법」(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 일부개정되어 2012. 1. 1. 시행된 것)

제11조(연구 및 인력개발을 위한 설비투자에 대한 세액공제) ① 내국인이 2012년 12월 31일까지 연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설에 투자(중고품 및 대통령령으로 정하는 리스에 의한 투자는 제외한다)하는 경우에는 해당 투자금액의 100분의 10에 상당하는 금액을 그 투자를 완료한 날이 속하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세만 해당한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항에서 "연구 및 인력개발을 위한 시설 또는 신기술의 기업화를 위한 시설"이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

1. 연구시험용 시설로서 대통령령으로 정하는 시설

2.ㆍ3. (생  략)

③ ～ ⑤ (생  략)

구 「조세특례제한법 시행령」(2012. 2. 2. 대통령령 제23590호로 일부개정되어 같은 날 시행된 것)

제10조(연구시험용시설의 범위 등) ① 법 제11조제2항제1호에서 "대통령령으로 정하는 시설"이란 연구개발을 위한 연구·시험용시설로서 기획재정부령이 정하는 것을 말한다.

② ～ ⑥ (생  략)

구 「조세특례제한법 시행규칙」(2012. 2. 28. 기획재정부령 제264호로 일부개정되어 같은 날 시행된 것)

제8조(연구시험용시설등의 범위) ① 영 제10조제1항에서 "기획재정부령이 정하는 것"이란 전담부서등, 「국가과학기술 경쟁력강화를 위한 이공계지원특별법」 제18조 및 같은 법 시행령 제17조에 따라 교육과학기술부장관에게 신고한 연구개발서비스업자 및 「산업기술연구조합 육성법」에 따른 산업기술연구조합에서 직접 사용하기 위한 연구시험용시설로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다. 다만, 운휴 중에 있는 것은 제외한다.

1. 공구 또는 사무기기 및 통신기기, 시계·시험기기 및 계측기기, 광학기기 및 사진제작기기

2. 「법인세법 시행규칙」 별표 6의 업종별 자산의 기준내용연수 및 내용연수범위표의 적용을 받는 자산

② (생  략)

<관계 법령>